自然人转让股权个人所得税可由转让方自行通过自然人电子税务局WEB端申报。具体操作流程为：

1.登录自然人电子税务局WEB端（https://www.etax.chinatax.gov.cn/），可使用个人所得税APP扫码或输入个人所得税APP账号、密码或使用电子税务局账号登录，依次点击【我要办税】-【税费申报】-【分类所得申报】-【个人股权转让所得】；

2.进入个人股权转让所得页面后勾选【股权转让资料报送】后点击确定；

3.系统通过“个人股权转让业务办理须知”弹窗展示报送步骤及所需材料，请认真阅读“办理须知”与“所需材料”，勾选“我已阅读并知晓”，然后点击【进入填报】；

4.进入填写页面后，在【1.录入基本信息】页，纳税人可依次填写被投资企业、税款所属期、股权转让情形等信息，填写完成后点击下一步进入【2.录入股权转让信息】页；在【2.录入股权转让信息】页，纳税人可依次填写【被投资企业信息】、【股权转让方信息】、【股权受让方信息】，并上传相关【附报资料】；在所有必填信息补充完成后，点击下一步进入【3.录入收入与扣除信息】页；进入【3.录入收入与扣除信息】页时，收入总额、财产原值、允许扣除的税费根据上一步骤中股权转让信息自动带出，投资抵扣金额根据纳税人天使投资备案信息自动带出且不可修改。纳税人可根据实际情况修改收入总额或填写准予扣除的个人捐赠支出信息，填写完成后点击下一步进入【4.税款计算】页。进入【4.税款计算】页时，系统自动根据填报数据展示涉及计税的相关数据项，并体现应纳税额。纳税人确认无误后点击“提交资料”，系统显示提交确认信息。

5.转让方提交资料后，受让方确认股权信息。若受让方为企业的，可通过自然人电子税务局扣缴端或WEB端的“消息中心”或“待处理事项”模块进行确认；受让方为个人的，通过个人所得税APP或自然人电子税务局WEB端的【消息中心】确认；

6.查看税务机关审核结果。转让方通过自然人电子税务局WEB端【我要查询】-【个人股权转让资料报送记录查询】功能，可查看已提交的资料信息及当前资料的受理状态。若当前受理状态为“受让方确认中”或“税务机关受理中”，纳税人可点击【撤销】终止本次资料提交，撤销后可修改或者作废该笔资料信息。若当前受理状态为“税务机关受理通过”，则纳税人可以点击“发起申报”进入申报缴税环节。

7.申报缴税。确认缴税金额无误后，点击“确认缴税”。

以上内容仅供参考，具体以最新法律法规及相关规定为准。